Accanto a questo primo edificio vi era una chiesa fatta costruire dai monaci durante la dominazione longobarda, forse in stile romanico, di cui nulla oggi è rimasto se non prove della sua esistenza nel Versus de Verona (fine del VIII secolo) e nell'iconografia rateriana (prima metà del X secolo). La prima menzione archivistica della comunità monastica annessa risale a un documento del 1035, mentre fonti successive raccontano di un monastero in crescita grazie ad alcuni beneficium. Con un diploma del 24 maggio 1111 passò sotto la protezione diretta dell'imperatoreEnrico V di Franconia in un vero e proprio rapporto vassallatico. Nel XIII secoloEzzelino III da Romano, da poco entrato a Verona, spogliò la comunità dei monaci dei propri vasti possedimenti ed esiliò l'abate, in quanto preoccupato del suo crescente potere e della sua avversione. Con il successivo avvento degli scaligeri il monastero riebbe le sue proprietà ma si evitò di riconfermargli il potere politico di un tempo. Dopo oltre un secolo di declino, nel 1444, papa Eugenio IV dispose che la comunità benedettina veronese venisse unita con la più ricca abbazia di Santa Giustina di Padova: ciò dette ai monaci un nuovo slancio che permise loro nel 1464 di demolire la precedente chiesa romanica e iniziare la costruzione dell'edificio odierno, la cui consacrazione avvenne il 19 gennaio 1483. Nel 1767 venne soppresso il monastero benedettino e i beni acquisti dalla Repubblica di Venezia per poi essere in parte ceduti quattro anni dopo alle monache benedettine di San Daniele, le quali apportarono alcuni restauri. L'editto di Napoleone del 1810 sciolse definitivamente il monastero, che venne demolito per lasciare posto alla sola chiesa.
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